// глоб переменная, в которой храним наш созданный предмет
new g_Ref = INVALID_ENT_REFERENCE;

// Создал предмет (есть entity индекс) и сохраняешь его так
g_Ref = EntIndexToEntRef(entity);

// Теперь если надо удалить его, то
if (g_Ref != INVALID_ENT_REFERENCE)
{
    new entity = EntRefToEntIndex(g_Ref);
    if (entity > 0)
    {
       // Это точно тот предмет, который мы создавали
       AcceptEntityInput(entity, "Kill");
    }
    g_Ref = INVALID_ENT_REFERENCE;
}